Der zu erzielende Preis für Wärme bzw. für die Substitution einer alternativen Wärmeerzeugung verändert sich in etwa proportional zu den Kosten für fossile Brennstoffe und ist sowohl bei Pflanzenöl als auch bei fossil betrieben BHKW ähnlich. 

Dem gegenüber stehen aber bei den Pflanzenöl-BHKW über die kommenden Jahre konstant bleibende Vergütungssätze für den eingespeisten Strom, wodurch ein Anstieg der Treibstoffkosten über diese Vergütung nach EEG nicht kompensiert werden kann.

Schwankungen bei den Treibstoffkosten haben somit erheblichen Einfluss auf die zu erzielende Rendite bzw. auf die erhofften Einsparungen, da diese Preissteigerungen nur zum Teil durch steigende Wärmepreise gepuffert werden können. 

Bei weiter steigenden Preisen für Bezugsstrom wird die EEG-Vergütung sogar unter diesem Preis liegen, so dass sich auch bei einem mit Biomasse befeuerten kleinen BHKW die Nutzung eines möglichst hohen Eigenanteils beim Strom anbieten würde. Damit wird der Unterschied beim Stromerlös zum fossil betriebenen BHKW, bei dem diese Vorgehensweise heute schon üblich ist, noch weiter verringert.  

Pflanzenöle unterlagen in den vergangenen Jahren erheblichen Preisschwankungen, wobei der Trend bisher eher nach oben gezeigt hat. Hauptgrund ist eine weltweit stark wachsende Nachfrage. Von der weiteren Preisentwicklung bei den Pflanzenölen hängt aber ganz entscheidend ab, ob ein solches BHKW wirtschaftlich zu betreiben ist. Oftmals führen wirtschaftliche Überlegungen dazu, statt einheimischer Pflanzenöle wie Rapsöl, billigere Importöle wie  Sojaöl oder Palmöl zu verwenden. Damit sind dann regionale Kreisläufe nicht mehr gegeben.